Pasza z żołądka przedostaje się do jelita cienkiego. Ma ono 16-24 m długości i nawet 60 litrów pojemności. W jego skład wchodzą dwunastnica, jelito czcze i jelito biodrowe - wszystkie te elementy mają dużą fizjologiczną możliwość ruchu, ponadto są swobodnie zawieszone na krezce jelitowej. Dlatego też przeładowanie tego fragmentu jelit, nierównomierne rozłożenie się treści pokarmowej lub nagły, zbyt intensywny ruch może spowodować u koni bardzo niebezpieczny skręt jelit. Stąd tak istotne jest skarmianie koni mniejszymi porcjami paszy czy pozostawienie konia odpowiednio długo w spokoju po zjedzeniu posiłku. Do dwunastnicy uchodzą przewód trzustkowy i wątrobowy. Żółć u koni produkowana jest przez wątrobę w ilości 4-6 litrów i spływa stale i bezpośrednio do dwunastnicy. Konie nie posiadają woreczka żółciowego. 

W jelicie cienkim zachodzi intensywne trawienie pokarmu, a dzięki obecności licznych kosmków jelitowych wchłanianie strawionych składników pokarmowych. Masa pokarmowa jest bardzo wodnista i przepływa przez całe jelito mniej więcej w ciągu pól godziny przedostając się do kolejnego odcinka czyli jelita grubego.

Jelito grube dzieli się na odcinki, które wypełniają większą część jamy brzusznej. Stanowi aż 60% całego układu pokarmowego i ma około 8 metrów. Pierwszy z odcinków to workowate, o pojemności 30 l. jelito ślepe. Tutaj następuje mieszanie treści pokarmowej. Następny to  okrężnica gruba. Oba odcinki pełnią rolę komór fermentacyjnych i czasami ich rola jest porównywana do roli przedżołądków u przeżuwaczy. Liczne bakterie, drożdże i pierwotniaki mają tutaj najlepsze warunki do działalności. Każda nieprawidłowość w żywieniu konia, niedobór siana, nadmiar skrobi czy zbyt duże ilości tłuszczy wpływają niekorzystnie na drobnoustroje a tym samym zaburzają cały metabolizm u konia. Pozostałe odcinki układu pokarmowego to prostnica i odbytnica. W jelicie prostym zachodzi formowanie kału. Koń wydala w ciągu doby średnio 15 do 22 kg kału o zawartości ok. 25% suchej masy.

Należy w tym miejscu  podkreślić, że to co koń wydala powinno być dla każdego świadomego hodowcy czy użytkownika konia obiektem obserwacji. Na podstawie wyglądu, konsystencji, zapachu, koloru kału możemy się bardzo dużo dowiedzieć o tym czy koń jest prawidłowo odżywiany, czy zabiegi profilaktyczne takie jak odrobaczenie, tarnikowanie zębów są wykonywane i czy zwierzęciu nie dolega jakiś stan chorobowy. Ale o tym opowiemy może następnym razem.